具有液相色譜LC前端的串聯(lián)質(zhì)譜MS，特別是三重四極質(zhì)譜（也稱之為“串聯(lián)”）質(zhì)譜（LC-MS/MS），這種儀器在過去的十幾年里逐漸取代了GC-MS和單四極質(zhì)譜監(jiān)測器（LC-MS），成為質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)中用到的主要儀器之一。

液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)LC-MS/MS儀器包括大氣壓電離源，通常為ESI源或大氣壓化學(xué)電離源，由離子入口和聚焦組件耦合，提供從大氣壓到真空的轉(zhuǎn)換和離子聚焦，進(jìn)入第一質(zhì)量過濾裝置，接著進(jìn)入碰撞室，該碰撞室充滿用于碰撞誘導(dǎo)離解的低壓氣體，接著進(jìn)入第二質(zhì)量過濾裝置，最后進(jìn)入離子檢測器（電子倍增器）。

液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)儀可以在儀器靈敏度和質(zhì)量分辨率范圍內(nèi)進(jìn)行五種不同的掃描模式：

1.全掃描：掃描兩個(gè)質(zhì)量過濾器的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍，而碰撞室不包含任何碰撞氣體。此試驗(yàn)可以查看樣品中包含的所有離子。

2.子離子掃描：在第一質(zhì)量過濾裝置中選擇一個(gè)特定的m/Q，用碰撞氣體填充碰撞室使所選m/Q破裂，然后掃描第二質(zhì)量過濾裝置的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍。該實(shí)驗(yàn)可以查看所選前體離子的所有碎片/產(chǎn)物離子。

3.前體離子掃描：掃描第一質(zhì)量過濾裝置的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍，在碰撞室中填充碰撞氣體，將掃描范圍內(nèi)的所有離子碎片化，然后第二質(zhì)量過濾裝置選擇一個(gè)特定的m/Q分析。此實(shí)驗(yàn)可以通過檢測產(chǎn)物離子和檢測之前的m/Q的時(shí)間相關(guān)性，確定哪個(gè)m/Q前體離子可能產(chǎn)生所選產(chǎn)物離子。

4.中性丟失掃描：在第一質(zhì)量過濾裝置的整個(gè)（或部分）質(zhì)量范圍內(nèi)掃描，用碰撞氣體填充碰撞室使掃描范圍內(nèi)的所有離子破碎，然后在預(yù)定范圍內(nèi)掃描第二質(zhì)量過濾裝置，該預(yù)定范圍對應(yīng)前體掃描范圍內(nèi)每個(gè)潛在離子發(fā)生的特定質(zhì)量的破裂引起的損失。該實(shí)驗(yàn)可以識別失去選定的通用化學(xué)基因的所有前體。

5.選擇（或多個(gè)）反應(yīng)檢測（SRM或MRM）：在第一質(zhì)量過濾裝置選擇一個(gè)特定的m/Q，用碰撞氣體填充碰撞室，將選定的m/Q碎裂，然后第二質(zhì)量過濾裝置從這些片斷中選擇一個(gè)特定的m/Q進(jìn)行分析。這個(gè)實(shí)驗(yàn)可以對第一質(zhì)量過濾裝置中的分析物進(jìn)行特定的檢測，已知該m/Q是特定于第二質(zhì)量過濾裝置選擇的產(chǎn)物離子的片段。對于這個(gè)特定的離子對檢測靈敏度也大大提高，因?yàn)闄z測器現(xiàn)在主要處理這個(gè)單一分析物待定的離子對，并且可以在幾個(gè)周期內(nèi)重復(fù)這樣做。